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国家税务总局负责具体起草税收法律法规草案及实施细则并提出税收政策建议，与财政部共同上报和下发，制订贯彻落实的措施。负责对税收法律法规执行过程中的征管和一般性税政问题进行解释，事后向财政部备案等；各地税务局负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作等。
中华人民共和国海关总署是国务院直属机构，为正部级。负责全国海关工作、组织推动口岸“大通关”建设、海关监管工作、进出口关税及其他税费征收管理、出入境卫生检疫和出入境动植物及其产品检验检疫、进出口商品法定检验、海关风险管理、国家进出口货物贸易等海关统计、全国打击走私综合治理工作、制定并组织实施海关科技发展规划以及实验室建设和技术保障规划、海关领域国际合作与交流、垂直管理全国海关、完成党中央国务院交办的其他任务。中央纪委国家监委在海关总署派驻纪检监察组。
中华人民共和国海事局（交通运输部海事局）履行水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防治船舶污染和航海保障等行政管理和执法职责。
国家统计局各调查总队既是政府统计调查机构，也是统计执法机构，依法独立行使统计调查、统计监督的职权，独立向国家统计局上报调查结果，并对上报的调查资料的真实性负责。同时，承担地方政府委托的各项统计调查任务。
贯彻执行国家外交方针政策和有关法律法规，代表国家维护国家主权、安全和利益，代表国家和政府办理外交事务，承办党和国家领导人与外国领导人的外交往来事务。调查研究国际形势和国际关系中全局性、战略性问题，研究分析政治、经济、文化、安全等领域外交工作的重大问题，为党中央、国务院制定外交战略和方针政策提出建议。按照外交总体布局，就对外贸易、经济合作、经援、文化、军援、军贸、侨务、教育、科技、外宣等重大问题，负责与有关单位协调，向党中央、国务院报告情况、提出建议等。
科学技术部是国务院组成部门，为正部级，对外保留国家外国专家局牌子。科学技术部贯彻落实党中央关于科技创新工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对科技创新工作的集中统一领导。
拟订国内外贸易和国际经济合作的发展战略、政策，起草国内外贸易、外商投资、对外援助、对外投资和对外经济合作的法律法规草案及制定部门规章，提出我国经济贸易法规之间及其与国际经贸条约、协定之间的衔接意见，研究经济全球化、区域经济合作、现代流通方式的发展趋势和流通体制改革并提出建议等。
审计署主管全国审计工作。主要负责起草审计法律法规草案，拟订审计政策，制定审计规章、国家审计准则和指南并监督执行。向中央审计委员会提出年度中央预算执行和其他财政支出情况审计报告。按规定对省部级党政主要领导干部及其他单位主要负责人实施经济责任审计和自然资源资产离任审计。指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。与省级党委和政府共同领导省级审计机关等。
铁路公安处是全国公安系统的重要部门之一，上级单位是各铁路公安局。主要负责对全国的国家铁路的治安、保卫等实施警察职能的单位。铁路警察除了负责所在铁路车站地区内安全工作外，还担当旅客列车上的治安管理，以制止犯罪分子在列车上危害人民群众的生命与财产安全等。一些省会城市（重要的交通枢纽）都会设有：某某铁路公安处。铁路公安处一般内设乘警、治安、刑侦等相应的警察，其机构设置（除了没有户籍和出入境），与地方公安系统无异。各铁路公安处工作，由所属上级铁路公安局垂直管理，业务上由地方公安局指导。如北京铁路公安局受公安部铁路公安局（公安部第十局）管理，业务上由北京市公安局指导。
依法依规对全国银行业和保险业实行统一监督管理，维护银行业和保险业合法、稳健运行，对派出机构实行垂直领导。对银行业和保险业改革开放和监管有效性开展系统性研究。依据审慎监管和金融消费者保护基本制度，制定银行业和保险业审慎监管与行为监管规则。
中国证监会是国务院直属正部级事业单位，其依照法律、法规和国务院授权，统一监督管理全国证券期货市场，维护证券期货市场秩序，保障其合法运行。
国家移民管理局(中华人民共和国出入境管理局)于2018年4月2日组建成立，是公安部管理的国家局，为副部级。主要职责是：负责全国移民管理工作;负责协调拟订移民和出入境管理政策与规划并协调组织实施，起草相关法律法规草案;负责建立健全签证管理协调机制等。出入境边防检查机构是移民管理局的一个机构，在对外开放口岸设立出入境边防检查机构，实施出入境人员和交通运输工具的查验管理、口岸限定区域管理，防范查处非法入出境活动等。
国家知识产权局是国家市场监督管理总局管理的国家局，为副部级。主要职责是:贯彻落实党中央关于知识产权工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对知识产权工作的集中统一领导。负责拟订和组织实施国家知识产权战略。负责保护知识产权。负责促进知识产权运用。负责知识产权的审查注册登记和行政裁决。负责建立知识产权公共服务体系。负责统筹协调涉外知识产权事宜等。